Implanté à Marseille, le Plan Bleu est géré par une association de droit français (loi 1901). Les activités sont menées par une équipe d’une dizaine de personnes, appuyées par des experts méditerranéens et validées par les points focaux des pays. Le financement est assuré par les pays méditerranéens et l’Union européenne, ainsi que par une dotation du Ministère français de l’environnement et des contributions aux travaux et projets communs, fournies par diverses institutions et partenaires.